Fluorescence in situ hybridizationM

Fluorescence in situ hybridization
Molecular techniques applied to the direct in situ probing
using rRNA or functional gene targets in combination with
autoradiography and cell quantification techniques are useful
to rapidly monitor the effects of environmental factors or
perturbation on microbial communities in their natural habitats
(Levsky and Singer 2003; Amann and Fuchs 2008;
Kumar et al. 2011). Fluorescence in situ hybridization
(FISH) is based on selective hybridization of rRNAtargeted
fluorescent-labeled oligonucleotide probes to the
ribosomes of permeabilized microbial cells prefixed on
membrane filters or glass slides. These stained microbial
cells can be visualized or quantified using epifluorescence
microscopy, confocal laser scanning microscopy, or flow
cytometry (Kumar et al. 2011). Multiple group-specific
1146 Appl Microbiol Biotechnol (2012) 95:1135–1154rRNA probes targeting bacteria, methanogens, protozoa,
and fungi are available, which can be used in a
FISH experiment for simultaneous phylogenetic classification
as well as quantification of physiologically
active microbial populations in an environmental sample
(Stabnikova et al. 2006; Kong et al. 2010a, b).
Nowadays, the standard linear oligonucleotide probes
are replaced by molecular beacons resulting in enhanced
and precised enumeration. Yanagita et al.
(2003) and Mackie et al. (2003) used fluorescently
labeled 16S rRNA-targeted probes for specific identification
of Oscillospira guillermondii, a large, morphologically
conspicuous but uncultured ruminal bacterium
from cattle, sheep, and reindeer rumen. Some other
applications of FISH in rumen are summarized in
Tables 2 and 3. FISH is, however, less sensitive than
PCR-based techniques as it could only detect 103
cells/ml and is not amenable to high sample throughput.
Moreover, an extensive knowledge of the community
is required before designing specific probes

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Fluorescence ในซิ hybridizationเทคนิคโมเลกุลกับวางอาศัยใน situ โดยตรงใช้ rRNA หรือเป้าหมายยีนทำงานร่วมกับเทคนิคการนับ autoradiography และเซลล์มีประโยชน์การตรวจสอบผลกระทบของปัจจัยแวดล้อมอย่างรวดเร็ว หรือperturbation ในชุมชนอยู่อาศัยธรรมชาติจุลินทรีย์(Levsky และนักร้อง 2003 Amann และ Fuchs 2008Kumar et al. 2011) Fluorescence ในซิ hybridization(ปลา) ขึ้นอยู่กับเลือก hybridization ของ rRNAtargetedฟลูออเรสเซนต์ชื่อ oligonucleotide probes เพื่อribosomes ของเซลล์จุลินทรีย์ permeabilized สิ่งบนตัวกรองเมมเบรนหรือกระจกสไลด์ สีจุลินทรีย์เหล่านี้เซลล์สามารถ visualized หรือ quantified โดยใช้ epifluorescencemicroscopy เลเซอร์ confocal microscopy แกน หรือกระแสเซลล์ (Kumar et al. 2011) เฉพาะกลุ่มหลาย1146 95:1135 Microbiol Biotechnol Appl (2012) – กำหนดเป้าหมายแบคทีเรีย methanogens โพรโท ซัว คลิปปากตะเข้ 1154rRNAและเชื้อรามี ซึ่งสามารถใช้ในการปลาทดลองการจัด phylogenetic พร้อมและนับของ physiologicallyงานประชากรจุลินทรีย์ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม(Stabnikova et al. 2006 อินเตอร์เนชั่นแนลร้อยเอ็ด al. 2010a, b)ปัจจุบัน การคลิปปากตะเข้เส้น oligonucleotide มาตรฐานแทนที่ ด้วยเบคอนโมเลกุลที่เกิดขึ้นในขั้นสูงและแจงนับผลิต Yanagita et al(2003) และรับเชิญ et al. (2003) ใช้ fluorescentlyป้าย 16S rRNA เป้าหมาย probes สำหรับการระบุเฉพาะของ Oscillospira guillermondii ใหญ่ morphologicallyเป้าแต่แบคทีเรีย uncultured ruminalจากต่อวัว แกะ และกวางขนาดใหญ่ อื่น ๆ บางโปรแกรมประยุกต์ของปลาในต่อได้สรุปไว้ในตารางที่ 2 และ 3 ปลาเป็น อย่างไรก็ตาม น้อยกว่าสำคัญกว่าผลเทคนิคที่สามารถตรวจพบ 103 เท่านั้นเซลล์/มล. และไม่คล้อยตามการประมวลอย่างสูงตกยิ่งไปกว่านั้น ความรู้ที่กว้างขวางของชุมชนจำเป็นต้องใช้ก่อนที่จะออกแบบเฉพาะคลิปปากตะเข้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เรืองแสงในแหล่งกำเนิดพันธุ์
เทคนิคโมเลกุลนำไปใช้โดยตรงในแหล่งกำเนิดละเอียด
โดยใช้ rRNA หรือยีนเป้าหมายการทำงานร่วมกับ
เอ๊กและเทคนิคปริมาณเซลล์มีประโยชน์
อย่างรวดเร็วในการตรวจสอบผลกระทบของปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมหรือ
ก่อกวนในชุมชนของจุลินทรีย์ในแหล่งที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติของพวกเขา
(Levsky และนักร้อง 2003; Amann และฟุ 2008;
Kumar et al, 2011). เรืองแสงในแหล่งกำเนิดพันธุ์
(FISH) จะขึ้นอยู่กับการผสมข้ามพันธุ์คัดเลือก rRNAtargeted
probes oligonucleotide เรืองแสงที่ติดฉลากเพื่อ
ไรโบโซมของเซลล์จุลินทรีย์ permeabilized นำหน้าในการ
กรองเมมเบรนหรือสไลด์แก้ว เหล่านี้เปื้อนจุลินทรีย์
เซลล์สามารถมองเห็นหรือปริมาณการใช้ epifluorescence
กล้องจุลทรรศน์กล้องจุลทรรศน์เลเซอร์สแกน confocal หรือไหล
cytometry (Kumar et al. 2011) หลายกลุ่มที่เฉพาะเจาะจง
1146 Appl Microbiol Biotechnol (2012) 95: probes 1135-1154rRNA กำหนดเป้าหมายแบคทีเรียแบคทีเรียสร้างมีเทนโปรโตซัว
และเชื้อราที่มีอยู่ซึ่งสามารถนำมาใช้ใน
การทดลองปลาสำหรับการจำแนกสายวิวัฒนาการพร้อมกัน
เช่นเดียวกับปริมาณของทางสรีรวิทยา
ประชากรจุลินทรีย์ที่ใช้งาน ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม
(Stabnikova et al, 2006;.. ฮ่องกงและคณะ 2010a b).
ปัจจุบันมาตรฐาน probes oligonucleotide เชิงเส้น
จะถูกแทนที่ด้วยบีคอนโมเลกุลที่เกิดขึ้นในการปรับปรุง
และ precised แจงนับ Yanagita et al.
(2003) และแม็กกี้และคณะ (2003) ที่ใช้ fluorescently
ติดป้าย 16S rRNA ยานสำรวจที่กำหนดเป้าหมายสำหรับประชาชนที่เฉพาะเจาะจง
ของ Oscillospira guillermondii, ขนาดใหญ่สัณฐานวิทยา
แบคทีเรียที่เห็นได้ชัดเจน แต่ไม่มีมารยาทในกระเพาะรูเมน
จากวัวแกะและกวางเรนเดียกระเพาะรูเมน บางคนอื่น ๆ
การใช้งานของปลาในกระเพาะได้สรุปไว้ใน
ตารางที่ 2 และ 3 เป็นปลา แต่ที่มีความสำคัญน้อยกว่า
เทคนิค PCR-based เป็นเพียงสามารถตรวจสอบ 103
เซลล์ / มล. และไม่ได้คล้อยตามการวิเคราะห์สารตัวอย่างสูง.
นอกจากนี้ความรู้ที่กว้างขวาง ของชุมชน
ที่จำเป็นก่อนที่จะออกแบบยานสำรวจที่เฉพาะเจาะจง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เรืองแสงใน situ hybridization
โมเลกุลเทคนิคที่ใช้เพื่อการใช้โดยตรงในแหล่งกำเนิดหรือการทำงานของยีนเป้าหมาย rRNA

เก้าอี้รับแขก และเทคนิคในการรวมกันกับปริมาณเซลล์มีประโยชน์
อย่างรวดเร็วตรวจสอบอิทธิพลของปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมต่อชุมชนจุลินทรีย์หรือ
ความยุ่งเหยิงในที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติของพวกเขา
( levsky และนักร้อง 2003 และ 2008 แอเมินฟุชส์ ;
; Kumar et al .2011 ) เรืองแสงใน situ hybridization
( ปลา ) จะขึ้นอยู่กับการเลือกชนิดเรืองแสง ป้าย ซึ่งวิธีการที่จะ rrnatargeted

ไรโบโซมของ permeabilized จุลินทรีย์เซลล์ - บน
ไส้กรอง Membrane หรือสไลด์กระจก เหล่านี้คราบจุลินทรีย์
เซลล์สามารถมองเห็นหรือตรวจโดยใช้กล้องจุลทรรศน์ epifluorescence
, ด้วยเลเซอร์สแกนกล้องจุลทรรศน์ หรือไหล
( ( Kumar et al . 2011 ) กลุ่มเฉพาะ
1146 App หลาย biotechnol ธนิดา เหรียญทอง B Sc ( 2012 ) 95:1135 – 1154rrna probes เป้าหมายสร้างมีเทน โปรโตซัว แบคทีเรีย และเชื้อรา
มีอยู่ ซึ่งสามารถใช้ในการทดลอง ซึ่งจัดพร้อมกันปลา

รวมทั้งปริมาณของสรีรศาสตร์
ปราดเปรียวประชากรจุลินทรีย์ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม
( stabnikova et al . 2006 ;ฮ่องกง et al . 2010a , B )
ปัจจุบันมาตรฐานเชิงเส้น ซึ่งวิธีการ
จะถูกแทนที่ด้วยโมเลกุลบีคอน ส่งผลให้เพิ่ม
precised และการแจกแจง ยานาจิตะ et al .
( 2003 ) และแม็กกี้ et al . ( 2003 ) ใช้ fluorescently
ป้ายเบส 16S rRNA เป้าหมายติดตาม
เฉพาะเจาะจงของ oscillospira guillermondii , ขนาดใหญ่ , จากเด่นแต่ไร้การศึกษาและแบคทีเรีย

จากโค กระบือ แกะ กวาง และกระเพาะ โปรแกรมอื่น ๆบางส่วนของปลาในอาหาร

สรุปใน ตารางที่ 2 และ 3 ปลาเป็น , อย่างไรก็ตาม , น้อยมีเทคนิค PCR มากกว่า
ตามมันจะสามารถตรวจจับ 103
เซลล์ / มิลลิลิตร และไม่ให้ความร่วมมือกับ throughput ตัวอย่างสูง
นอกจากนี้ ความรู้ที่กว้างขวางของชุมชนเป็นสิ่งจำเป็นก่อนที่จะออกแบบเฉพาะฟิวส์