The α-hemolysin (αHL) protein nanop

The α-hemolysin (αHL) protein nanopore has been investigated previously as a base detector for the strand sequencing of DNA and RNA. Recent findings have suggested that shorter pores might provide improved base discrimination. New work has also shown that truncated-barrel mutants (TBM) of αHL form functional pores in lipid bilayers. Therefore, we tested TBM pores for the ability to recognize bases in DNA strands immobilized within them. In the case of TBMΔ6, in which the barrel is shortened by ∼16 Å, one of the three recognition sites found in the wild-type pore, R1, was almost eliminated. With further mutagenesis (Met113 → Gly), R1 was completely removed, demonstrating that TBM pores can mediate sharpened recognition. Remarkably, a second mutant of TBMΔ6 (Met113 → Phe) was able to bind the positively charged β-cyclodextrin, am7βCD, unusually tightly, permitting the continuous recognition of individual nucleoside monophosphates, which would be required for exonuclease sequencing mediated by nanopore base identification.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Nanopore โปรตีนด้วยกองทัพ-hemolysin (αHL) มีการตรวจสอบก่อนหน้านี้เป็นการตรวจพื้นฐานสำหรับจัดลำดับสาระดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ ผลการวิจัยล่าสุดได้แนะนำให้ รูขุมขนสั้นอาจให้แบ่งแยกพื้นฐานปรับปรุง ทำงานได้ยังแสดงว่า สายพันธุ์ตัดกระบอก (TBM) ของ αHL แบบรูขุมขนทำงานในกระบวน bilayers ดังนั้น เราสามารถทดสอบ TBM รูขุมขนสำหรับความสามารถในการจดจำฐานใน DNA strands ตรึงอยู่ภายใน ในกรณีของ TBMΔ6 ซึ่งบาร์เรลลดลง โดย ∼16 Å โด่งรู้สามที่พบในป่าชนิดรูพรุน R1 ถูกเกือบตัดออกไป มีเพิ่มเติม mutagenesis (Met113 → Gly), R1 ถูกเอาออกอย่างสมบูรณ์ เห็น TBM pores สามารถบรรเทาการยึด อย่างยิ่ง mutant ที่สองของ TBMΔ6 (Met113 →เพ) ได้ผูกคิดค่าธรรมเนียมบวกβ-cyclodextrin, am7βCD ผิดปกติแน่น อนุญาตให้รับรู้อย่างต่อเนื่องของ nucleoside ละ monophosphates ซึ่งจะจำเป็นสำหรับลำดับ exonuclease mediated โดยระบุฐาน nanopore

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

α-hemolysin (αHL) nanopore โปรตีนได้รับการตรวจสอบเครื่องตรวจจับก่อนหน้านี้เป็นฐานสำหรับลำดับสาระของ DNA และ RNA ผลการวิจัยล่าสุดได้ชี้ให้เห็นว่ารูขุมขนที่สั้นลงอาจให้การเลือกปฏิบัติฐานที่ดีขึ้น การทำงานใหม่นี้ยังแสดงให้เห็นว่าการกลายพันธุ์ที่ถูกตัดทอนบาร์เรล (TBM) ของรูขุมขนαHLรูปแบบการทำงานใน bilayers ไขมัน ดังนั้นเราจึงทดสอบ TBM รูขุมขนสำหรับความสามารถในการรับรู้ในฐานดีเอ็นเอตรึงภายในพวกเขา ในกรณีที่TBMΔ6ซึ่งในถังจะสั้นลงโดย ~16 ซึ่งเป็นหนึ่งในสามเว็บไซต์ได้รับการยอมรับที่พบในรูขุมขนป่าชนิด R1 ถูกกำจัดเกือบ ด้วยการกลายพันธุ์ต่อไป (Met113 → Gly) R1 จะถูกลบออกอย่างสมบูรณ์แสดงให้เห็นว่ารูขุมขน TBM สามารถเป็นสื่อกลางในการรับรู้รุนแรงขึ้น อย่างน่าทึ่งกลายพันธุ์ที่สองของTBMΔ6 (Met113 →เพ) ก็สามารถที่จะผูกประจุบวกβ-สัมพรรค, am7βCDแปลกแน่นอนุญาตให้ได้รับการยอมรับอย่างต่อเนื่องของ monophosphates nucleoside ของแต่ละบุคคลที่จะต้องใช้ในการจัดลำดับ exonuclease ไกล่เกลี่ยโดยการระบุฐาน nanopore

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยตรง ( แอลฟาα HL ) nanopore โปรตีนได้รับการสอบสวนก่อนหน้านี้เป็นฐานเครื่องตรวจจับสำหรับกลุ่มสาระการหาลำดับเบสของ DNA และ RNA พบล่าสุด พบว่า มีรูสั้นอาจมีการแบ่งแยกฐานที่ดีขึ้น งานใหม่ได้แสดงให้เห็นว่าตัดทอนบาร์เรลกลายพันธุ์ ( TBM ) ของα HL รูปแบบการทำงานในรูขุมขนไขมันสองชั้น . ดังนั้นเราทดสอบ TBM รูความสามารถในการรับรู้ในฐานเส้นดีเอ็นเอที่ถูกตรึงในพวกเขา ในกรณีของ TBM Δ 6 ซึ่งในลำกล้องจะสั้น∼ 16 • , หนึ่งในสามของการยอมรับเว็บไซต์ที่พบในรูขุมขน , R1 , เกือบจะถูกตัดออก กับการต่อ ( met113 → keyboard - key - name GLY ) R1 ถูกลบออกอย่างสมบูรณ์ , แสดงให้เห็นว่า TBM รูสามารถไกล่เกลี่ย รุนแรงขึ้น การรับรู้ อย่างน่าทึ่งที่สองกลายพันธุ์ของ TBM Δ 6 ( met113 → keyboard - key - name เพ ) สามารถจับประจุบวกในบีตา - ไซโคลเดกซ์ทริน am7 บีตา , ซีดี , ผิดปกติแน่นให้รับรู้อย่างต่อเนื่องของแต่ละนิวคลิโอไซด์ monophosphates ซึ่งจะใช้สำหรับ sequencing ) โดย nanopore ฐานรหัสเอกโซนิวคลีเอส .