Abstract An interspecific partial g

Abstract An interspecific partial genetic linkage map of Coffea sp. based on 62 backcross hybrids is presented. F1 hybrids were generated by a cross between the wild C. pseudozanguebariae and the anciently cultivated C. lib- erica var. dewevrei (DEW); progeny were then derived from a backcross between F1 hybrid and DEW. The map construction consisted of a two-step strategy using 5.5 and 3.1 LOD scores revealed by simulation file. The map consisted of 181 loci: 167 amplified fragment length polymorphism (AFLP) and 13 random fragment length polymorphism (RFLP) loci. The markers were as- sembled into 14 linkage groups, each with 4–31 markers covering 1,144 cM. Segregation distortion was observed for 30% of all loci, in particular 3:1 and 1:3 ratios equal- ly favouring each of the two parents. The existence of such ratios suggests genetic conversion events. This map also represents an initial step towards the detection of quantitative trait loci.morphism markers (AFLP, Vos et al. 1995).The AFLP technology has two main advantages: (1) more reliability and consistency than random amplified polymorphic DNAs (RAPDs); (2) a large number of markers on a sin- gle high-resolution sequencing gel. Consequently, a high-density map can be obtained from a small number of primers and minute amounts of DNA. AFLP markers are typically dominant, and most fragments correspond to unique positions on the chromosome and can be ex- ploited in genetic and physical mapping (Thomas et al. 1995; Meksem et al. 1995). RFLP (restriction fragment length polymorphism) markers do not have such advan- tages; the number of markers obtained from a gel is low- er and higher amounts of DNA are required. In contrast, they are co-dominant, which allows between-map com- parison. Coffee trees belong to the genus Coffea sub-genus Coffea, family Rubiaceae and are mostly present in trop- ical and subtropical regions of the world. Most species (up to 80 taxa) are diploid (2n=22), except C. arabica, which is tetraploid (Leroy 1980; Bridson 1987). Two species are currently cultivated world-wide: C. arabica and C. canephora. As wild species constitute the base of genetic resources for breeding, interspecific crosses have been realised to test breeding possibilities by introgres- sion (Louarn 1992). Those that include East African spe- cies and a West African species constitute an extreme situation, which is illustrated by the cross between C. pseudozanguebariae, native to Kenya and Tanzania, and C. liberica var. dewevrei, native to Central Africa. In the investigation reported here we used the C. pseudo- zanguebariae×C. liberica dewevrei cross for genetic mapping for two main reasons: (1) the availability of F1 hybrids as well as backcrossed hybrids and (2) the low genetic distance between C. liberica dewevrei and C. canephora (Carvalho and Monaco 1967; Charrier 1978; Louarn 1992), which facilitates relating the results to cultivated species. Distorted marker segregation has been reported in several interspecific linkage analyses (Grant 1975). This systematic deviation from an equal representation of al-

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อแผนที่การเชื่อมโยงทางพันธุกรรมบางส่วน interspecific Coffea sp.ตามลูกผสมไหม้ 62 การนำเสนอ ลูกผสม F1 สร้างขึ้น โดยข้ามระหว่าง pseudozanguebariae C. ป่าและ dewevrei เพียงการปลูก anciently C. lib-erica (DEW); แล้วลูกหลานที่ได้มาให้ไหม้ระหว่างลูกผสม F1 และ DEW การก่อสร้างแผนผังประกอบด้วยสองขั้นตอนกลยุทธ์ใช้ 5.5 และลอดคะแนน 3.1 ที่เปิดเผย โดยการจำลองไฟล์ แผนที่ประกอบด้วย 181 loci: 167 ฟแอล (AFLP) และสุ่ม 13 ความยาวโพลีมอร์ฟิซึม (RFLP) loci ที่แยกส่วน เครื่องหมายถูกเป็น-sembled เป็น 14 กลุ่มเชื่อมโยง มีเครื่องหมาย 4-31 ที่ครอบคลุม 1,144 ซม. บิดเบือนแบ่งแยกถูกสังเกต 30% ของทั้งหมด loci เฉพาะ 3:1 และ 1:3 อัตราส่วนเท่ากับลี favouring ของผู้ปกครอง 2 การดำรงอยู่ของอัตราส่วนดังกล่าวแนะนำกิจกรรมแปลงพันธุกรรม แผนที่นี้ยังแสดงถึงขั้นตอนการเริ่มต้นสู่การตรวจพบเชิงปริมาณติดเครื่องหมาย loci.morphism (AFLP, Vos et al. 1995) เทคโนโลยี AFLP มีประโยชน์สองหลัก: (1) เพิ่มเติมความน่าเชื่อถือและความสอดคล้องมากกว่า polymorphic DNAs สุ่มเอาต์ (RAPDs); (2) เป็นจำนวนมากของเครื่องหมายบนเจลำดับความบาป-gle ดังนั้น สามารถรับแผนที่ high-density จำนวนไพรเมอร์ขนาดเล็กและจำนวนนาทีของดีเอ็นเอ เครื่องหมาย AFLP มีหลักโดยทั่วไป และตรงไปยังตำแหน่งเฉพาะบนโครโมโซมกระจายตัวมากที่สุด และสามารถ ploited อดีตในทางพันธุกรรม และทางกายภาพการแม็ป (Thomas et al. 1995 Meksem et al. 1995) เครื่องหมาย RFLP (ข้อจำกัดส่วนความยาวโพลิมอร์ฟิซึม) ไม่ได้เช่น advan-tages จำนวนเครื่องหมายที่ได้รับจากเจเป็นต่ำเอ้อ และสูงจำนวนของดีเอ็นเอที่ต้องการ ในทางตรงกันข้าม พวกเขาเป็น dominant ร่วม ให้ระหว่างแผนที่ com parison ต้นกาแฟเป็นพืชสกุล Coffea สกุลย่อย Coffea ตระกูล Rubiaceae และส่วนใหญ่แสดงใน trop - ical และแบบภูมิภาคของโลก สปีชีส์ส่วนใหญ่ (80 taxa) เป็น diploid (2n = 22), ยกเว้นซีอาราบิก้า ซึ่งเป็น tetraploid (Leroy 1980 Bridson 1987) ชนิดที่สองมีอยู่ cultivated โลก: ซีอาราบิก้าและ C. canephora เป็นชนิดป่าเป็นฐานทรัพยากรพันธุกรรมในพันธุ์ ตัด interspecific ได้ถูกเองก็ยังคิดทดสอบไปปรับปรุงพันธุ์ โดย introgres-sion (Louarn 1992) ที่ cies spe แอฟริกาตะวันออกและสายพันธุ์แอฟริกาตะวันตกเป็นการสถานการณ์มาก ซึ่งแสดง โดยข้ามระหว่าง C. pseudozanguebariae พื้นถิ่นของเคนยา และแทนซาเนีย และ c liberica เพียง dewevrei พื้นเมืองแอฟริกากลาง ในรายงานที่นี่เราใช้ dewevrei liberica × C. C. หลอก zanguebariae ข้ามสำหรับการแม็ปพันธุด้วยเหตุผลหลักสองประการ: (1)ความพร้อมของลูกผสม F1 เป็นลูกผสม backcrossed และ (2)ระยะห่างทางพันธุกรรมต่ำระหว่าง C. liberica dewevrei และ C. canephora (Carvalho และโมนาโก 1967 Charrier 1978 Louarn 1992) ซึ่งอำนวยความสะดวกเกี่ยวข้องผลลัพธ์กับพันธุ์ที่ปลูก การแบ่งแยกเครื่องเพี้ยนได้ถูกรายงานในวิเคราะห์เชื่อมโยง interspecific ต่าง ๆ (เงินช่วยเหลือ 1975) ความแตกต่างนี้ระบบจากแสดงการเท่ากันของอัล-

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อแผนที่เชื่อมโยงทางพันธุกรรม interspecific บางส่วนของกาแฟเอสพี ขึ้นอยู่กับ 62 วิธีผสมกลับลูกผสมจะนำเสนอ ลูกผสม F1 ถูกสร้างขึ้นโดยการผสมผสานกันระหว่างซี pseudozanguebariae ป่าและปลูกในสมัย​​โบราณซี lib- erica var dewevrei (DEW); ลูกหลานได้มาแล้วจากวิธีผสมกลับระหว่าง F1 ไฮบริดและน้ำค้าง แผนที่การก่อสร้างประกอบด้วยกลยุทธ์สองขั้นตอนโดยใช้ 5.5 และ 3.1 คะแนนล็อดเปิดเผยโดยไฟล์จำลอง แผนที่ประกอบด้วยตำแหน่ง 181: 167 ความยาวของส่วนขยาย polymorphism (AFLP) และ 13 ส่วนระยะเวลาในการสุ่ม polymorphism (RFLP) ตำแหน่ง เครื่องหมายถูก sembled คดเป็น 14 กลุ่มเชื่อมโยงแต่ละคนมีเครื่องหมาย 31/04 ครอบคลุม 1,144 cM บิดเบือนแยกพบว่า 30% ของตำแหน่งทั้งหมดโดยเฉพาะอย่างยิ่ง 3: 1 และ 1: 3 อัตราส่วน equal- เหมือนนิยมแต่ละพ่อแม่ทั้งสอง การดำรงอยู่ของอัตราส่วนดังกล่าวแสดงให้เห็นเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นการแปลงทางพันธุกรรม แผนที่นี้ยังแสดงให้เห็นถึงขั้นตอนแรกที่มีต่อการตรวจสอบของเครื่องหมาย loci.morphism ลักษณะเชิงปริมาณ (AFLP, Vos et al, 1995.) ได้โดยเริ่มต้นเทคโนโลยี AFLP มีสองข้อได้เปรียบหลักคือ (1) ความน่าเชื่อถือมากขึ้นและมีความมั่นคงกว่าการสุ่ม DNAs polymorphic ขยาย (RAPDs) ; (2) เป็นจำนวนมากของเครื่องหมายบนบาป GLE ความละเอียดสูงเจลลำดับ ดังนั้นแผนที่มีความหนาแน่นสูงได้จากจำนวนเล็ก ๆ ของไพรเมอร์และจำนวนนาทีของดีเอ็นเอ เครื่องหมาย AFLP มักจะเป็นที่โดดเด่นและชิ้นส่วนส่วนใหญ่สอดคล้องกับตำแหน่งที่ไม่ซ้ำกันในโครโมโซมและสามารถ ploited อดีตในการทำแผนที่พันธุกรรมและทางกายภาพ (โทมัส et al, 1995;.. Meksem et al, 1995) RFLP (polymorphism ระยะเวลาในส่วนข้อ จำกัด ) เครื่องหมายไม่ได้มี Tages advan- ดังกล่าว จำนวนของตัวบ่งชี้ที่ได้รับจากเจลเป็นเอ้อต่ำและปริมาณที่สูงขึ้นดีเอ็นเอจะต้อง ในทางตรงกันข้ามพวกเขาจะร่วมที่โดดเด่นซึ่งจะช่วยให้ระหว่างแผนที่สั่ง parison ต้นกาแฟอยู่ในจำพวกกาแฟกาแฟย่อยประเภทครอบครัว Rubiaceae และส่วนใหญ่จะอยู่ในภูมิภาค trop- iCal และกึ่งเขตร้อนของโลก สายพันธุ์ส่วนใหญ่ (ไม่เกิน 80 แท็กซ่า) จะซ้ำ (2n = 22) ยกเว้นซีอาราบิก้าซึ่งเป็น tetraploid (Leroy 1980; Bridson 1987) สองสายพันธุ์ที่ปลูกในขณะนี้ทั่วโลก: ซีอาราบิก้าและซี canephora ในฐานะที่เป็นสายพันธุ์ป่าเป็นฐานของทรัพยากรพันธุกรรมสำหรับการเพาะพันธุ์ไม้กางเขน interspecific ได้ตระหนักถึงความเป็นไปได้ในการทดสอบการปรับปรุงพันธุ์โดยไซออน introgres- (Louarn 1992) ผู้ที่มี Cies เจาะจงแอฟริกาตะวันออกและสายพันธุ์แอฟริกาตะวันตกเป็นสถานการณ์ที่รุนแรงซึ่งจะแสดงโดยข้ามระหว่างซี pseudozanguebariae พื้นเมืองเคนยาและแทนซาเนียและ C liberica var dewevrei พื้นเมืองภาคกลางของแอฟริกา ในการตรวจสอบรายงานที่นี่เราใช้ซีหลอก zanguebariae × C ข้าม liberica dewevrei สำหรับการทำแผนที่พันธุกรรมสองเหตุผลหลักคือ (1) ความพร้อมของลูกผสม F1 เช่นเดียวกับการปรับปรุงพันธุ์ลูกผสมและ (2) ระยะทางพันธุกรรมต่ำระหว่างซี liberica dewevrei และ C canephora (วัลโญ่และโมนาโก 1967; Charrier 1978; Louarn 1992) ซึ่งอำนวยความสะดวกที่เกี่ยวข้องกับผลที่จะเพาะปลูกสายพันธุ์ แยกเครื่องหมายบิดเบี้ยวได้รับรายงานในการวิเคราะห์การเชื่อมโยงหลาย interspecific (ครั้งที่ 1975) ระบบนี้เบี่ยงเบนจากเท่ากับการเป็นตัวแทนของอัล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อการ interspecific บางส่วนแผนที่พันธุกรรมของ sp . คอฟเฟียตาม 62 ( ลูกผสม คือแสดง ลูกผสม F1 ถูกสร้างขึ้นโดยการผสมผสานระหว่างป่าและปลูกในสมัยโบราณ . . . pseudozanguebariae ลิบ - เอริก้า โดย dewevrei ( น้ำค้าง ) ; ลูกหลานแล้ว ได้มาจาก ( ระหว่างลูกผสมและน้ำค้าง การสร้างแผนที่ประกอบด้วยสองขั้นตอนกลยุทธ์ใช้ 5.5 และ 3 .1 จากคะแนนเปิดเผยโดยไฟล์จำลอง แผนที่จำนวน 181 ตำแหน่ง : 167 amplified fragment length polymorphism ( AFLP ) และ 13 สุ่ม fragment length polymorphism ( RFLP ) ตำแหน่ง . เครื่องหมายถูก - sembled เป็น 14 เชื่อมโยงกลุ่มละ 4 – 31 เครื่องหมายครอบคลุม 1 cm ส่วนการพบว่า 30% ของทุกตำแหน่ง โดยเฉพาะ 3 : 1 และ 1 :3 . อัตราส่วนเท่ากับ - หลีนิยมแต่ละของทั้งสองครอบครัว การดำรงอยู่ของอัตราส่วนดังกล่าวบ่งบอกเหตุการณ์แปลงพันธุกรรม แผนที่นี้ยังเป็นขั้นตอนแรกต่อการตรวจหาปริมาณลักษณะ loci.morphism เครื่องหมาย ( AFLP , คุณ et al . 1995 ) . เทคนิคเทคโนโลยีมีข้อดีสองหลัก ( 1 ) ความน่าเชื่อถือและความสอดคล้องมากขึ้นกว่าวิธี random amplified polymorphic จำเพาะ ( rapds )( 2 ) ตัวเลขขนาดใหญ่ของเครื่องหมายบนบาป GLE ลำดับความละเอียดสูงเจล ดังนั้นความหนาแน่นสูงแผนที่ได้จากจำนวนเล็ก ๆของชนิดจำนวนนาทีของดีเอ็นเอ เครื่องหมาย AFLP มักจะเด่น และเศษสุดสอดคล้องกับตำแหน่งเฉพาะบนโครโมโซม และเป็นอดีต ploited ในแผนที่พันธุกรรมและทางกายภาพ ( โทมัส et al . 1995 ; meksem et al . 1995 )RFLP ( Restriction fragment length polymorphism ) เครื่องหมายไม่ได้เช่น Advan - tages ; จำนวนของเครื่องหมายที่ได้จากเจลต่ำ - ER และปริมาณที่สูงขึ้นของดีเอ็นเอจะต้อง ในทางตรงกันข้าม พวกเขาคือ เด่น ซึ่งช่วยให้ระหว่างแผนที่ดอทคอม - parison . ต้นไม้กาแฟเป็นของสกุลย่อย coffea coffea สกุล ,ครอบครัว Rubiaceae และส่วนใหญ่จะอยู่ในเขตร้อน Trop - iCal และภูมิภาคของโลก สปีชีส์มากที่สุด ( ถึง 80 และ ) มีจำนวนโครโมโซม 2n = 22 ) ยกเว้น . . อาราบิก้าซึ่งเป็นเตตราพล ด์ ( ลีรอย 1980 ; bridson 1987 ) ขณะนี้มี 2 ชนิดทั่วโลก : C . อาราบิก้า และ ซี canephora . เป็นป่าชนิดที่เป็นฐานทรัพยากรพันธุกรรมเพื่อการปรับปรุงพันธุ์interspecific คู่ผสมพันธุ์ได้ตระหนักถึงเพื่อทดสอบความเป็นไปได้โดย introgres - ฌัน ( louarn 1992 ) ผู้ที่มีแอฟริกาตะวันออกเอสพี - cies และแอฟริกาตะวันตกชนิดที่เป็นสถานการณ์ที่รุนแรง ซึ่งแสดงโดยข้ามระหว่าง C . pseudozanguebariae พื้นเมือง เคนยาและแทนซาเนีย และ ซี dewevrei ลิเบอริกาพันธุ์ พื้นเมืองของอัฟริกากลางในการสอบสวนรายงานที่นี่เราใช้ C เทียม zanguebariae ×ซี. ไลเบริก้า dewevrei ข้ามสำหรับการทำแผนที่ทางพันธุกรรมสำหรับสองเหตุผลหลัก ( 1 ) ความพร้อมของลูกผสม รวมทั้ง backcrossed ลูกผสม ( 2 ) พันธุกรรมต่ำระยะห่างระหว่าง C และ C canephora ( dewevrei ลิเบอริก้า คาร์วัลโญ่ และโมนาโก 1967 ; charrier 1978 ; louarn 1992 )ซึ่งอำนวยความสะดวกเกี่ยวกับผลที่ปลูก ชนิด บิดเบือนการแยกเครื่องหมายได้รับการรายงานในการเชื่อมโยงหลาย interspecific วิเคราะห์ ( แกรนท์ 1975 ) นี้ระบบการเบี่ยงเบนจากเท่าเทียมการเป็นตัวแทนของอัล -