Only a few short years ago, accessi

Only a few short years ago, accessing
biomolecular structures from the
Brookhaven Protein Databank (PDB)
database involved purchasing a set of
magnetic tapes designed for a mainframe
computer. Structures and the critical information
about molecular function
they contain were out of reach to anyone
with a personal computer. But how
quickly things change. Nowadays, the
World Wide Web (WWW) has brought
forth several excellent services for freely
obtaining any file from the PDB structure
database (Box 1). Also, there are
two very good viewing programs, MAGE
(Refs 1, 2) and RASMOL (Ref. 3), both of
which have been made freely available
by their authors for use with IBM,
Macintosh and Unix systems. Kinemage
has a special niche as it allows extensive
annotation and description to be
carried along with the structure data,
making it a useful resource for teaching
4. (The journal Protein Science has a
WWW site containing a remarkable collection
of Kinemage format structure
files, each created individually by experts
and all freely available; see Box 1
for URL.)
Molecular Modeling Database
The Molecular Modeling Database
(MMDB) is the new structural division
of Entrez (Ref. 5), provided by the
National Center for Biotechnology Information
(NCB1). It holds all the structures
in the PDB database, but in a
different file format [specified in the
Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1)
data description language6]. This format
allows files of structural data to be
readily compressed and exchanged between
modern computers. Our hope
is that with these transformed data,
structural scientists can start to design
and create software tools that allow
all of us to see different kinds of data,
such as structural superpositions and
non-atomic three-dimensional models
from electron microscopy 7, in a single
viewing environment.
The translation of PDB data files into
ASN.1 has involved the use of a
sophisticated PDB file parser*, which
was originally developed as part of an
ongoing research project into predicting
protein structure from sequence
data 8,9. This parser can 'sort' specific
pieces of data from a multitude of information,
and furthermore, can detect
and correct a variety of ambiguities that
arise in the PDB file format.
One common example of such an ambiguity
can be seen by viewing almost
any structure data file containing the
prosthetic groups NAD or FAD (e.g. 1LVL

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพียงไม่กี่ปีสั้นที่ผ่านมาการเข้าถึงโครงสร้างชีวโมเลกุลจากโปรตีนBrookhaven Databank (PDB) ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับการจัดซื้อชุดของเทปแม่เหล็กที่ออกแบบมาสำหรับเมนเฟรมคอมพิวเตอร์ โครงสร้างและข้อมูลที่สำคัญเกี่ยวกับการทำงานในระดับโมเลกุลที่พวกเขามีอยู่ออกจากการเข้าถึงให้กับทุกคนที่มีคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคล แต่วิธีการที่สิ่งที่เปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว ปัจจุบันเวิลด์ไวด์เว็บ (WWW) ได้นำมาบริการที่ดีเยี่ยมหลายอย่างอิสระได้รับไฟล์ใดๆ จากโครงสร้าง PDB ฐานข้อมูล (กล่อง 1) นอกจากนี้ยังมีสองโปรแกรมการรับชมที่ดีมากผู้วิเศษ(Refs 1, 2) และ RASMOL (Ref. 3) ทั้งสองที่ได้รับการให้บริการได้อย่างอิสระโดยนักเขียนของพวกเขาสำหรับการใช้งานกับIBM, Macintosh และระบบ Unix Kinemage มีช่องพิเศษที่จะช่วยให้กว้างขวางบันทึกย่อและรายละเอียดที่จะต้องดำเนินการไปพร้อมกับข้อมูลโครงสร้างทำให้มันเป็นทรัพยากรที่มีประโยชน์สำหรับการเรียนการสอน4 (วิทยาศาสตร์โปรตีนวารสารมีเว็บไซต์ WWW ที่มีคอลเลกชันที่โดดเด่นของรูปแบบKinemage โครงสร้างไฟล์แต่ละสร้างรายบุคคลโดยผู้เชี่ยวชาญและทั้งหมดที่มีอยู่ได้อย่างอิสระดูกล่อง1. สำหรับ URL) ฐานข้อมูลการสร้างแบบจำลองโมเลกุลฐานข้อมูลการสร้างแบบจำลองโมเลกุล(MMDB) เป็นใหม่โครงสร้าง ส่วนของEntrez (Ref. 5) จัดไว้ให้โดยศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ(NCB1) มันถือโครงสร้างทั้งหมดในฐานข้อมูล PDB แต่ในรูปแบบไฟล์ที่แตกต่าง[ระบุไว้ในไวยากรณ์บทคัดย่อโน้ต 1 (ASN.1) คำอธิบายข้อมูล language6] รูปแบบนี้จะช่วยให้ไฟล์ข้อมูลที่มีโครงสร้างที่จะบีบอัดได้อย่างง่ายดายและการแลกเปลี่ยนระหว่างคอมพิวเตอร์ที่ทันสมัย​​ ความหวังของเราคือการที่มีข้อมูลเปลี่ยนเหล่านี้นักวิทยาศาสตร์โครงสร้างสามารถเริ่มต้นในการออกแบบและสร้างเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่ช่วยให้พวกเราทุกคนที่จะเห็นแตกต่างกันของข้อมูลเช่นsuperpositions โครงสร้างและที่ไม่ใช่อะตอมรุ่นสามมิติจากอิเล็กตรอนกล้องจุลทรรศน์7 ใน เดียวดูสภาพแวดล้อม. แปลของไฟล์ข้อมูลลงใน PDB ASN.1 ได้เกี่ยวข้องกับการใช้งานของไฟล์ที่มีความซับซ้อนPDB parser * ซึ่งถูกพัฒนามาเป็นส่วนหนึ่งของโครงการวิจัยอย่างต่อเนื่องเข้าสู่การทำนายโครงสร้างโปรตีนจากลำดับข้อมูลที่8,9 parser นี้สามารถ 'เรียง' เฉพาะชิ้นส่วนของข้อมูลจากหลากหลายของข้อมูลและนอกจากนี้สามารถตรวจสอบและแก้ไขความหลากหลายของความคลุมเครือที่เกิดขึ้นในรูปแบบไฟล์PDB. ตัวอย่างหนึ่งที่พบบ่อยเช่นความเคลือบแคลงสามารถมองเห็นได้โดยการดูเกือบโครงสร้างใดๆ แฟ้มข้อมูลที่มีกลุ่มเทียมNAD หรือ FAD (เช่น 1LVL

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพียงไม่กี่ปีที่ผ่านมาสั้น , การเข้าถึงโครงสร้างชีวโมเลกุลจาก

Brookhaven โปรตีน databank ( PDB )
ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องการจัดซื้อชุดของแม่เหล็กที่ออกแบบมาสำหรับเมนเฟรมเทป

คอมพิวเตอร์ โครงสร้างและข้อมูลที่สำคัญเกี่ยวกับฟังก์ชันโมเลกุล

มีจำนวนไม่ครบทุกคน
กับคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคล แต่ยังไง
อย่างรวดเร็ว สิ่งที่เปลี่ยนแปลง ทุกวันนี้
เวิร์ลไวด์เว็บ ( WWW ) ได้นำออกมาดีหลายบริการอิสระ

รับไฟล์ใด ๆจากโครงสร้าง
PDB ฐานข้อมูล ( ช่อง 1 ) นอกจากนี้ มี
2 ดีมากดูโปรแกรม Mage
( อ้างอิงที่ 2 ) และ rasmol ( อ้างอิงที่ 3 ) ทั้งของที่ได้รับการทำใช้ได้อย่างอิสระ

โดยผู้เขียนเพื่อใช้กับ IBM ,
Macintosh และระบบยูนิกซ์ มีช่องพิเศษ kinemage

ตามที่มันช่วยให้กว้างขวางหมายเหตุและรายละเอียดที่จะ
อุ้มพร้อมกับข้อมูลโครงสร้าง
ทำให้ทรัพยากรที่มีประโยชน์สำหรับการเรียนการสอน
4 ( วารสารวิทยาศาสตร์มีโปรตีน
www เว็บไซต์ที่มีคอลเลกชันที่โดดเด่นของรูปแบบโครงสร้าง kinemage

ไฟล์แต่ละสร้างรายบุคคลโดยผู้เชี่ยวชาญ
และทั้งหมดที่มีอิสระ เห็นกล่อง 1

สำหรับ URL ) ฐานข้อมูลแบบจำลองโมเลกุลโมเลกุลฐานข้อมูลแบบ

( mmdb ) เป็นส่วนของโครงสร้างใหม่
entrez ( Ref 5 ) โดย

ข้อมูลศูนย์เทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ ( ncb1 ) มันเก็บทุกโครงสร้าง PDB
ในฐานข้อมูล แต่ในรูปแบบแฟ้มที่แตกต่างกัน [

สรุปไวยากรณ์ที่ระบุไว้ในหมายเหตุ 1 ( ขึ้น 1 )
ข้อมูลรายละเอียด language6 ] รูปแบบนี้จะช่วยให้ไฟล์ของข้อมูลโครงสร้าง

พร้อมจะบีบอัดและแลกเปลี่ยนระหว่าง
คอมพิวเตอร์ที่ทันสมัย
ความหวังของเราคือการที่เหล่านี้แปลงข้อมูล
นักวิทยาศาสตร์โครงสร้างสามารถเริ่มออกแบบและสร้างเครื่องมือซอฟต์แวร์ที่อนุญาตให้

เราทุกคนเพื่อดูชนิดของข้อมูล เช่น superpositions

ไม่ใช่โครงสร้างอะตอมสามมิติแบบจำลอง
จากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน 7 ในเดียว

ดูสภาพแวดล้อม แปลข้อมูล PDB ไฟล์เป็น
asn 1 ได้ที่เกี่ยวข้องกับการใช้ของ
ซับซ้อน PDB ไฟล์ Parser * ซึ่ง
พัฒนาเดิมเป็นส่วนหนึ่งของโครงการวิจัยต่อเนื่องใน

ทำนายโครงสร้างโปรตีนจากลำดับข้อมูล
8,9 . ' ' สำหรับนี้สามารถจัดเรียงเฉพาะ
ชิ้นของข้อมูลจากความหลากหลายของข้อมูลและสามารถตรวจสอบ

นอกจากนี้ และแก้ไขความหลากหลายของงงงวยว่าเกิดในรูปแบบไฟล์ PDB
.
1 ตัวอย่างที่พบ เช่น ความคลุมเครือ
ที่สามารถเห็นได้โดยดูข้อมูลแฟ้มที่มีโครงสร้างใด ๆเกือบ

ใช้ NAD หรือแฟชั่น 1lvl กลุ่ม ( เช่น