Quantification of cultured bacteria

Quantification of cultured bacteria
The populations of three major cellulolytic bacteria and
Butyrivibrio spp. were quantified using respective specific
real-time PCR assays. The populations of F. succinogenes,
and Butyrivibrio spp. did not differ among the
four fractions irrespective of diets or animal breeds. The
population of R. flavefaciens was significantly higher in
the Ad-C fraction than in the other three fractions and
significantly lower in the Lq-H fraction than in the other
three fractions (Table 1). However, the relative
abundance of F. succinogenes was significantly higher in
the Ad-H fraction than in the Lq-C fraction (Table 1).
The population of R. albus was significantly lower in the
Lq-H fraction than in the Lq-C and the Ad-C fractions
(Table 1). Among the three cellulolytic bacteria, the
populations of F. succinogenes (1.61 × 106 to 9.96 × 106
rrs copies/μg DNA) and R. flavefaciens (2.56 × 106 to
2.07 × 107 rrs copies/μg DNA) were more abundant than
that of R. albus (7.59 × 104 to 5.87 × 105) in any of the
fractionated samples. This result supports the previous
findings that the population of F. succinogenes is higher
than that of R. albus [3,12,13]. However, some studies
on the rumen microbiome showed contradictory results
[6,14]. In the two latter studies [6,14], R. albus was
found to be the most predominant among the three cellulolytic
species in the rumen. More studies that use the
same procedures for metagenomic DNA extraction and
real-time PCR assays are needed to verify the predominance
of R. albus in the rumen in the context of diet and
feeding regime. F. succinogenes is a predominant cellulolytic
species in the rumen of cattle. Although real-time
PCR assays showed the relatively high abundance of F.
succinogenes, no Fibrobacteres-like rrs sequences were
identified from rrs clone libraries constructed from the
same rumen contents as described previously [7]. The
lack of Fibrobacteres-like rrs sequences seems to be due
to the poor efficiency of PCR amplification with universal
primers as demonstrated previously [9]. Therefore,
Fibrobacteres-specific primers are needed to account for
the population of F. succinogenes when clone libraries,
denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) or pyrosequencing
are performed in future studies. The population
of the genus Butyrivibrio was greater than 106 rrs
copies/μg DNA and did not differ among the four fractions
(Table 1).
The population of the genus Prevotella ranged from
4.40 × 107 to 1.88 × 108 rrs copies/μg DNA across all the
fractions and was significantly higher in the Lq-C fraction
than in the Lq-H and the Ad-H fractions (Table 1).
The genus Prevotella was the most abundant among
known ruminal genera, and its relative abundance ranged
from 24% to 37% of total bacteria across the four
fractions (Table 1). This result supports that Prevotella is
the most predominant genus in the rumen [3,4]. The
relatively high abundance of the genus Prevotella in the
Ad-H fraction might suggest their involvement in fiber
degradation as described previously [15,16]. Both Selenomonas
ruminantium and Ruminobacter amylophilus did
not show any significant difference among the four fractions,
but R. amylophilus tended (P < 0.1) to be more
abundant in the Lq-C fraction than in the Ad-C fraction
(Table 1).
The population of P. ruminicola, the major species of
genus Prevotella in the rumen, was significantly higher
in the Lq-C fraction than in the Lq-H and the Ad-H
fractions (Table 1). The relative abundance of P. ruminicola
was very low compared to that of genus Prevotella
(Table 1). The low relative abundance of P. ruminicola is
consistent with the finding of two previous studies
[3,17], but it does not support the majority status of this
species in the rumen. This result also suggests the presence
of numerous uncultured Prevotella strains [12]. Isolation
and characterization of uncultured Prevotella
strains would help characterize as-yet uncultured Prevotella
strains in future studies.
It should be noted that the abundance of the genus
Prevotella might have been overestimated because the
Prevotella-“specific” primers used in this study matched
numerous non-Prevotella rrs sequences when compared
with 13478 sequences of rumen origin [4]. In addition to
811 Prevotella sequences, the forward primer matched
582 non-Prevotella sequences belonging to genera
Paraprevotella (21 sequences), Rikenella (18 sequences),
Tannerella (4 sequences), Paludibacter (4 sequences),
Bacteroides (4 sequences), Barnesiella (1 sequence),
Hallella (1 sequence), and unclassified Bacteroidales
(298 sequences), unclassified Bacteroidetes (113
sequences), other genera of family Prevotellaceae (77
sequences), unclassified Porphyromonadaceae (40
sequences), and unclassified Clostridiales (1 sequence).
The reverse primer matched 541 Prevotella sequences
and 59 non-Prevotella sequences that belong to other
genera of family Prevotellaceae (29 sequences), unclassified
Bacteroidales (6 sequences), Paraprevotella (20
sequences), and Bacteroides (4 sequences).
The population of Prevotella might have been overestimated
in other studies due to lack of specificity of the primers
used. For example, the forward primers used in the
study by Stiverson and Weimer and Weimer et al. [3,17]
matched 974 Prevotella and 1055 non-Prevotella sequences
collected from the rumen. The 1055 non-Prevotella
sequences were assigned to unclassified Bacteroidales (477
sequences), unclassified Bacteroidetes (168 sequences),
other genera of family Prevotellaceae (140 sequences), unclassified
Porphyromonadaceae (129 sequences), unclassified
Clostridiales (1 sequence), Rikenella (42 sequences),
Barnesiella (40 sequences), Paraprevotella (37 sequences),
Hallella (11 sequences), Tannerella (4 sequences), Bacteroides
(4 sequences), Paludibacter (1 sequence), and Alkaliflexus
(1 sequence); while the reverse primer matched 389
Prevotella and 88 non-Prevotella sequences. The 88 non-
Prevotella sequences were assigned to other genera of family
Prevotellaceae (74 sequences), unclassified Bacteroidales
(6 sequences), and Hallella (8 sequences). Therefore, new
primers are needed to improve specific quantification of
this important genus in the rumen.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นับของแบคทีเรียอ่างประชากรของแบคทีเรีย cellulolytic หลักสาม และโอ Butyrivibrio ได้ quantified ใช้เฉพาะที่เกี่ยวข้องassays PCR แบบเรียลไทม์ ประชากรของ F. succinogenesและโอ Butyrivibrio ได้ไม่แตกต่างกันในการส่วนสี่แก่อาหารสายพันธุ์สัตว์ ที่ประชากรของ R. flavefaciens ได้สูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในเศษส่วน C โฆษณากว่าแบบแยกส่วนที่สามอื่น ๆ และอย่างมีนัยสำคัญต่ำในเศษส่วน Lq-H มากกว่าในอื่น ๆ3 ส่วน (ตารางที่ 1) อย่างไรก็ตาม ญาติมาย F. succinogenes เป็นอย่างสูงในส่วนโฆษณา-H กว่าในเศษส่วน Lq-C (ตาราง 1)ประชากรของ R. ไหลนาได้ลดลงอย่างมีนัยสำคัญในการเศษ Lq-H กว่า Lq-C และส่วนโฆษณา C(ตาราง 1) ระหว่างแบคทีเรีย cellulolytic สาม การประชากรของ F. succinogenes (1.61 × 106 การ 9.96 × 106rrs สำเนา/μg DNA) และอาร์ flavefaciens (2.56 × 106 ไป2.07 × 107 rrs สำเนา/μg ดีเอ็นเอ) ได้มากขึ้นกว่าของไหลนาอาร์ (7.59 × 104 ถึง 5.87 × 105) ในการอย่าง fractionated ผลนี้สนับสนุนการก่อนหน้านี้พบว่าประชากรของ F. succinogenes สูงกว่าที่อาร์ไหลนา [3,12,13] อย่างไรก็ตาม บางคนศึกษาในการต่อ microbiome แสดงผลขัดแย้ง[6.14] . ในสองหลังศึกษา [6.14], ไหลนาอาร์มีพบเป็น กันมากที่สุดระหว่างสาม cellulolyticสปีชีส์ในการต่อ ศึกษาที่ใช้มากกระบวนการเดียวกันสำหรับ metagenomic สกัดดีเอ็นเอ และจำเป็นต้องตรวจสอบที่เด่น assays PCR แบบเรียลไทม์ของไหลนาอาร์ในต่อในบริบทของอาหาร และอาหารระบอบการปกครอง F. succinogenes เป็นการกัน cellulolyticสปีชีส์ในต่อที่ยั้วเยี้ย ถึงแม้ว่าที่จริงแสดงให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ค่อนข้างสูงของเอฟ assays PCRsuccinogenes ลำดับ rrs เหมือน Fibrobacteres ไม่ถูกระบุจาก rrs สร้างจากไลบรารีของโคลนเดียวต่อเนื้อหาอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [7] ที่ขาดลำดับ rrs เหมือน Fibrobacteres น่าจะครบกำหนดการขยาย PCR กับสากลประสิทธิภาพดีไพรเมอร์เป็นสาธิตก่อนหน้านี้ [9] ดังนั้นFibrobacteres เฉพาะไพรเมอร์มีความจำเป็นในการลงบัญชีประชากรของ F. succinogenes โคลนเมื่อไลบรารีdenaturing electrophoresis เจลไล่ระดับสี (DGGE) หรือ pyrosequencingดำเนินการในการศึกษาในอนาคต ประชากรของตระกูลนี้ Butyrivibrio มีมากกว่า 106 rrsμg สำเนาดีเอ็นเอ และไม่ได้แตกต่างกันในส่วนสี่(ตาราง 1)ประชากรของพืชสกุล Prevotella มา4.40 × 107 ถึง 1.88 × 108 rrs สำเนา/μg ดีเอ็นเอทั้งหมดเศษส่วนและสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในเศษส่วน Lq-Cกว่า Lq-H และส่วนโฆษณา-H (ตารางที่ 1)ตระกูลนี้ Prevotella ถูกมากที่สุดในหมู่รู้จัก ruminal สกุล และอุดมสมบูรณ์ของญาติที่อยู่ในช่วงจาก 24% เป็น 37% ของแบคทีเรียรวมทั้งสี่เศษส่วน (ตารางที่ 1) ผลลัพธ์นี้สนับสนุน Prevotella ว่าตระกูลนี้กันมากที่สุดในต่อ [3, 4] ที่มาย Prevotella ตระกูลนี้ค่อนข้างสูงในการส่วนโฆษณา-H อาจแนะนำการมีส่วนร่วมในไฟเบอร์เซรามิกอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [15,16] Selenomonas ทั้งสองruminantium และ Ruminobacter amylophilus ไม่ได้ไม่แสดงความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญระหว่างเศษ 4แต่มีแนวโน้มที่ amylophilus R. (P < 0.1) จะเพิ่มมากขึ้นอุดมด้วยเศษ Lq-C มากกว่าในส่วนโฆษณา C(ตาราง 1)ประชากรของ P. ruminicola หลักพันธุ์สกุล Prevotella ในต่อ ได้อย่างมีนัยสำคัญในเศษส่วน Lq-C กว่า Lq-H และ H โฆษณาเศษส่วน (ตารางที่ 1) ความสัมพันธ์ของ P. ruminicolaต่ำมากเมื่อเทียบกับสกุล Prevotella(ตาราง 1) มีความสัมพันธ์ต่ำของ P. ruminicolaสอดคล้องกับการค้นหาก่อนหน้านี้ศึกษาสอง[3,17], แต่มันไม่สนับสนุนสถานะส่วนใหญ่นี้สปีชีส์ในการต่อ ผลนี้ยังแนะนำอยู่ของ Prevotella uncultured มากมายสายพันธุ์ [12] แยกและสมบัติของ uncultured Prevotellaสายพันธุ์จะช่วยให้ลักษณะเป็น-Prevotella uncultured ยังสายพันธุ์ในอนาคตการศึกษาควรสังเกตที่ความอุดมสมบูรณ์ของตระกูลนี้Prevotella อาจมีถูก overestimated เนื่องจากการPrevotella- "เฉพาะ" สังกะสี วัสดุใช้ในการศึกษานี้สอดคล้องไม่ใช่ Prevotella จำนวนมาก rrs ลำดับเมื่อเปรียบเทียบมีลำดับ 13478 ต่อแหล่งกำเนิด [4] นอกลำดับ Prevotella 811 พื้นไปข้างหน้าตรง582 Prevotella ไม่ใช่ลำดับของสกุลParaprevotella (ลำดับ 21), Rikenella (ลำดับ 18),Tannerella (ลำดับ 4), Paludibacter (ลำดับ 4),Bacteroides (ลำดับ 4), Barnesiella (ลำดับ 1),Hallella (ลำดับ 1), และ Bacteroidales ไม่ได้แยกประเภท(ลำดับ 298), ไม่ได้แยกประเภท Bacteroidetes (113ลำดับ), สกุลอื่น ๆ ของครอบครัว Prevotellaceae (77ลำดับ), Porphyromonadaceae ไม่ได้แยกประเภท (40ลำดับ), และ Clostridiales ไม่ได้แยกประเภท (ลำดับ 1)รองพื้นกลับตรงลำดับ Prevotella 541และลำดับไม่ Prevotella 59 ที่อยู่อื่น ๆสกุลของครอบครัว Prevotellaceae (ลำดับ 29), ไม่ได้แยกประเภทBacteroidales (ลำดับ 6), Paraprevotella (20ลำดับ), และ Bacteroides (ลำดับ 4)ประชากรของ Prevotella อาจถูก overestimatedในการศึกษาอื่น ๆ ขาด specificity ของไพรเมอร์ที่ใช้ ตัวอย่าง ที่ไพรเมอร์ไปข้างหน้าใช้ในการศึกษา โดย Stiverson และ Weimer Weimer et al. [3,17]จับคู่ 974 Prevotella และลำดับไม่ Prevotella 1055รวบรวมจากการต่อ 1055 ไม่-Prevotellaลำดับถูกกำหนดไว้ใน Bacteroidales ไม่ได้แยกประเภท (477ลำดับ), Bacteroidetes ไม่ได้แยกประเภท (168 ลำดับ),สกุลอื่น ๆ ของครอบครัว Prevotellaceae (140 ลำดับ), ไม่ได้แยกประเภทPorphyromonadaceae (129 ลำดับ), ไม่ได้แยกประเภทClostridiales (ลำดับ 1), Rikenella (ลำดับ 42),Barnesiella (ลำดับ 40), Paraprevotella (ลำดับ 37),Hallella (ลำดับ 11), Tannerella (ลำดับ 4), Bacteroides(ลำดับ 4), Paludibacter (ลำดับ 1), และ Alkaliflexus(ลำดับ 1); ในขณะที่พื้นกลับตรง 389Prevotella และลำดับไม่ Prevotella 88 88 ใช่ลำดับ Prevotella ถูกกำหนดให้กับสกุลอื่น ๆ ของครอบครัวPrevotellaceae (ลำดับ 74), Bacteroidales ไม่ได้แยกประเภท(ลำดับ 6), และ Hallella (ลำดับที่ 8) ดังนั้น ใหม่จำเป็นต้องปรับปรุงนับเฉพาะของไพรเมอร์พืชสกุลนี้สำคัญในการต่อ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปริมาณของเชื้อแบคทีเรียที่เพาะเลี้ยง
ประชากรในสามของแบคทีเรียเซลลูโลสรายใหญ่และ
เอสพีพี Butyrivibrio ได้รับปริมาณการใช้ที่เฉพาะเจาะจงของแต่ละ
แบบ real-time PCR ตรวจ ประชากร succinogenes เอฟ,
และเอสพีพี Butyrivibrio ไม่แตกต่างกันในหมู่
สี่เศษส่วนโดยไม่คำนึงถึงอาหารหรือสายพันธุ์สัตว์
ประชากร flavefaciens อาร์อย่างมีนัยสำคัญที่สูงขึ้นใน
ส่วนโฆษณา-C กว่าในอีกสามเศษส่วนและ
อย่างมีนัยสำคัญลดลงในส่วน LQ-H กว่าในอีก
สามเศษส่วน (ตารางที่ 1) แต่เมื่อเทียบ
ความอุดมสมบูรณ์ของ succinogenes เอฟอย่างมีนัยสำคัญที่สูงขึ้นใน
ส่วนโฆษณา-H กว่าในส่วน LQ-C (ตารางที่ 1).
ประชากรของอาร์อัลบัสอย่างมีนัยสำคัญลดลงใน
ส่วน LQ-H กว่าใน Lq- ซีและเศษส่วน Ad-C
(ตารางที่ 1) หนึ่งในสามแบคทีเรียเซลลูโลส,
ประชากรของเอฟ succinogenes (1.61 × 106-9.96 × 106
rrs copies / ไมโครกรัม DNA) และอาร์ flavefaciens (2.56 × 106
× 107 2.07 rrs copies / ไมโครกรัมดีเอ็นเอ) เป็นอีกมากมายกว่า
ที่ อาร์อัลบัส (7.59 × 104-5.87 × 105) ในใด ๆ ของ
กลุ่มตัวอย่าง fractionated ผลที่ได้นี้สนับสนุนก่อนหน้านี้
การค้นพบว่าประชากรของเอฟ succinogenes สูง
กว่าของอาร์อัลบัส [3,12,13] อย่างไรก็ตามการศึกษาบางส่วน
ในกระเพาะรูเมน microbiome แสดงให้เห็นผลที่ขัดแย้ง
[6,14] ในการศึกษาทั้งสองหลัง [6,14], อาร์อัลบัสถูก
พบว่ามีความโดดเด่นมากที่สุดในหมู่สามเซลลูโลส
ชนิดนี้ในกระเพาะรูเมน การศึกษาอื่น ๆ ที่ใช้
วิธีการเดียวกันในการสกัดดีเอ็นเอ Metagenomic และ
เรียลไทม์การตรวจ PCR ที่มีความจำเป็นในการตรวจสอบความเด่น
ของอาร์อัลบัสในกระเพาะรูเมนในบริบทของการรับประทานอาหารและ
การให้อาหารระบอบการปกครอง เอฟ succinogenes เป็นเซลลูโลสเด่น
ชนิดนี้ในกระเพาะรูเมนของวัว แม้ว่าแบบ real-time
PCR ตรวจแสดงให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ค่อนข้างสูงของเอฟ
succinogenes, Fibrobacteres เหมือนลำดับ rrs ไม่มีการ
ระบุจาก rrs โคลนห้องสมุดสร้างขึ้นมาจาก
กระเพาะรูเมนเนื้อหาเดียวกับที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [7]
ขาด Fibrobacteres เหมือนลำดับ rrs ดูเหมือนว่าจะเป็นเพราะ
การที่มีประสิทธิภาพที่ดีของการขยาย PCR กับสากล
ไพรเมอร์ที่แสดงให้เห็นก่อนหน้านี้ [9] ดังนั้น
ไพรเมอร์ Fibrobacteres เฉพาะที่มีความจำเป็นในการบัญชีสำหรับ
ประชากร succinogenes เอฟเมื่อห้องสมุดโคลน
denaturing ลาดข่าวคราว (DGGE) หรือ pyrosequencing
จะดำเนินการในการศึกษาในอนาคต ประชากร
ของพืชและสัตว์ Butyrivibrio มากกว่า 106 rrs
copies / ไมโครกรัม DNA และไม่แตกต่างกันในหมู่สี่เศษส่วน
(ตารางที่ 1).
ประชากรของสกุล Prevotella ตั้งแต่
4.40 × 107-1.88 × 108 rrs copies / ไมโครกรัมดีเอ็นเอในทุก
เศษส่วนและอย่างมีนัยสำคัญที่สูงขึ้นใน LQ-C ส่วน
กว่าใน LQ-H และเศษส่วน Ad-H (ตารางที่ 1).
สกุล Prevotella เป็นที่อุดมสมบูรณ์มากที่สุดในหมู่
จำพวกที่รู้จักกันในกระเพาะรูเมนและความอุดมสมบูรณ์ของญาติอยู่ในช่วง
จาก 24% 37% ของแบคทีเรียทั้งหมดทั่วสี่
เศษส่วน (ตารางที่ 1) ผลที่ได้นี้สนับสนุนที่ Prevotella เป็น
สกุลที่โดดเด่นมากที่สุดในกระเพาะรูเมน [3,4]
ความอุดมสมบูรณ์ค่อนข้างสูงของพืชและสัตว์ Prevotella ใน
ส่วนโฆษณา-H อาจแนะนำให้มีส่วนร่วมในเส้นใย
ย่อยสลายตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [15,16] ทั้งสอง Selenomonas
ruminantium และ Ruminobacter amylophilus ไม่
ได้แสดงความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในหมู่สี่เศษส่วน
แต่อาร์มีแนวโน้ม amylophilus (P <0.1) จะมีมากขึ้น
มากมายในส่วน LQ-C กว่าในส่วนโฆษณา-C
(ตารางที่ 1).
ประชากรพี ruminicola ชนิดที่สำคัญของ
พืชและสัตว์ในกระเพาะรูเมน Prevotella อย่างมีนัยสำคัญที่สูงขึ้น
ในส่วน LQ-C กว่าใน LQ-H และ Ad-H
เศษส่วน (ตารางที่ 1) ความอุดมสมบูรณ์ของญาติของพี ruminicola
ต่ำมากเมื่อเทียบกับสกุล Prevotella
(ตารางที่ 1) ความอุดมสมบูรณ์ต่ำของ ruminicola พีเป็น
ที่สอดคล้องกับผลการศึกษาก่อนหน้านี้สอง
[3,17] แต่มันไม่สนับสนุนสถานะนี้ส่วนใหญ่ของ
สายพันธุ์ในกระเพาะรูเมน ผลที่ได้นี้ยังแสดงให้เห็นการปรากฏตัว
ของสายพันธุ์จำนวนมากไม่มีมารยาท Prevotella [12] การแยก
และลักษณะของการไม่มีมารยาท Prevotella
สายพันธุ์ที่จะช่วยให้ลักษณะที่ยังไม่มีมารยาท Prevotella
สายพันธุ์ในการศึกษาในอนาคต.
มันควรจะตั้งข้อสังเกตว่าความอุดมสมบูรณ์ของพืชและสัตว์
Prevotella อาจจะได้รับเกินไปเพราะ
Prevotella- "เฉพาะ" ไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ตรงกับ
จำนวนมากที่ไม่ได้ -Prevotella RRS ลำดับเมื่อเทียบ
กับ 13,478 ลำดับต้นกำเนิดกระเพาะ [4] นอกเหนือจาก
811 Prevotella ลำดับไพรเมอร์จับคู่ไปข้างหน้า
582 ลำดับที่ไม่ Prevotella เป็นของจำพวก
Paraprevotella (21 ลำดับ) Rikenella (18 ลำดับ)
Tannerella (4 ลำดับ) Paludibacter (4 ลำดับ)
Bacteroides (4 ลำดับ) Barnesiella (1 ลำดับ)
Hallella (1 ลำดับ) และ Bacteroidales ไม่เป็นความลับ
(298 ลำดับ) Bacteroidetes ไม่เป็นความลับ (113
ลำดับ) จำพวกอื่น ๆ ของครอบครัว Prevotellaceae (77
ลำดับ) ไม่เป็นความลับ Porphyromonadaceae (40
ลำดับ) และ Clostridiales ไม่เป็นความลับ (1 ลำดับ) .
ไพรเมอร์จับคู่กลับ 541 Prevotella ลำดับ
59 และลำดับที่ไม่ Prevotella ที่อยู่กับคนอื่น ๆ
ในครอบครัวจำพวก Prevotellaceae (29 ลำดับ) ไม่เป็นความลับ
Bacteroidales (6 ลำดับ) Paraprevotella (20
ลำดับ) และ Bacteroides (4 ลำดับ).
ประชากร Prevotella อาจได้รับการประเมิน
ในการศึกษาอื่น ๆ ที่เกิดจากการขาดความจำเพาะของไพรเมอร์
ที่ใช้ ตัวอย่างเช่นไพรเมอร์ไปข้างหน้าที่ใช้ใน
การศึกษาโดย Stiverson และ Weimer และ Weimer et al, [3,17]
จับคู่ Prevotella 974 และ 1055 ที่ไม่ Prevotella ลำดับ
ที่รวบรวมจากกระเพาะรูเมน 1055 ที่ไม่ Prevotella
ลำดับได้รับมอบหมายให้ Bacteroidales ไม่เป็นความลับ (477
ลำดับ) Bacteroidetes ไม่เป็นความลับ (168 ลำดับ)
จำพวกอื่น ๆ ของครอบครัว Prevotellaceae (140 ลำดับ) ไม่เป็นความลับ
Porphyromonadaceae (129 ลำดับ) ไม่เป็นความลับ
Clostridiales (1 ลำดับ) Rikenella (42 ลำดับ)
Barnesiella (40 ลำดับ) Paraprevotella (37 ลำดับ)
Hallella (11 ลำดับ) Tannerella (4 ลำดับ) Bacteroides
(4 ลำดับ) Paludibacter (1 ลำดับ) และ Alkaliflexus
(1 ลำดับ); ในขณะที่การจับคู่ไพรเมอร์กลับ 389
Prevotella และ 88 ที่ไม่ Prevotella ลำดับ 88 ไม่ใช่
ลำดับ Prevotella ได้รับมอบหมายให้จำพวกอื่น ๆ ของครอบครัว
Prevotellaceae (74 ลำดับ) Bacteroidales ไม่เป็นความลับ
(6 ลำดับ) และ Hallella (8 ลำดับ) ดังนั้นใหม่
ไพรเมอร์ที่มีความจำเป็นในการปรับปรุงปริมาณที่เฉพาะเจาะจงของ
พืชและสัตว์ที่สำคัญนี้ในกระเพาะรูเมน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปริมาณของการเพาะเลี้ยงแบคทีเรีย
ประชากร 3 กลุ่มทดลองหลักและ
butyrivibrio ชนิด quantified ใช้เกี่ยวข้องเฉพาะ
แบบ PCR ) . ประชากรของ F . succinogenes
butyrivibrio spp . , และไม่แตกต่างกันระหว่าง
4 ส่วนนึงอาหารหรือสายพันธุ์ของสัตว์
ประชากรของ flavefaciens สูงกว่าใน
Rการ ad-c เศษกว่าในอื่น ๆสามเศษส่วนและ
ลดลงในสัดส่วน lq-h กว่าในอื่น ๆ
3 เศษส่วน ( ตารางที่ 1 ) แต่มีความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของ f .

succinogenes สูงกว่าใน ad-h เศษกว่าใน lq-c เศษส่วน ( ตารางที่ 1 ) .
ประชากรของ อัลบัส ลดลงในสัดส่วนกว่า
lq-h ใน lq-c และ ad-c เศษส่วน
( ตารางที่ 1 )ระหว่างสามทดลองแบคทีเรีย
ประชากรของ F . succinogenes ( 1.61 × 3 × 106 ถึง 106
rrs สำเนา / μ g DNA ) และ อาร์ flavefaciens ( 2.56 × 106

2.07 × 107 rrs สำเนา / μ g DNA ) มีดาษดื่นกว่า
ที่ R . อัลบัส ( 7.59 × 104 ถึง 5.87 × 105 ) ในใด ๆของ
พบตัวอย่าง ผลที่ได้นี้สนับสนุนผลการวิจัยก่อนหน้านี้
ว่าประชากรของ F . succinogenes สูงกว่า
กว่าที่ของอัลบัส [ 3,12,13 ] อย่างไรก็ตาม การศึกษาบางอย่างในกระเพาะหมัก พบว่าไมโครไบโ

[ 6,14 ขัดแย้งผล ] ในการศึกษา 6,14 2 หลัง [ ] , R . อัลบัสคือ
พบเป็น เด่นที่สุดในหมู่สามทดลอง
สายพันธุ์ในกระเพาะ การศึกษาที่ใช้วิธีการเดียวกัน

แบบเรียลไทม์สำหรับการสกัดดีเอ็นเอและดีเอ็นเอเมตาจีโนมิค ) จะต้องพิสูจน์ความเด่น
R .อัลบัสในกระเพาะรูเมนในบริบทของระบบการเลี้ยงอาหารและ
. F . succinogenes เป็นโดดทดลอง
สายพันธุ์ในอาหารโค แม้ว่าเวลา PCR ) พบ
ความอุดมสมบูรณ์ค่อนข้างสูงของ F .
succinogenes ไม่ fibrobacteres เหมือน rrs ลำดับถูก
ระบุจาก rrs โคลนห้องสมุดสร้างจาก
เดียวกันเนื้อหาทั้งหมดตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [ 7 ]
ขาด fibrobacteres เหมือน rrs ลำดับน่าจะเนื่องจาก
กับประสิทธิภาพยากจน PCR ด้วยไพรเมอร์แบบสากล
แสดงให้เห็นก่อนหน้านี้ [ 9 ] ดังนั้น ,
fibrobacteres ไพร์เมอร์จำเพาะจะต้องบัญชีสำหรับ
ประชากรของ F . succinogenes เมื่อโคลนห้องสมุด
ี่ลาด gel electrophoresis ( การทดลอง ) หรือไพโรซีเควนซิง
จะดําเนินการในการศึกษาในอนาคต ประชากร
ของพืชสกุล butyrivibrio สูงกว่า 106 rrs
สำเนา / ดีเอ็นเอμ G ไม่แตกต่างระหว่างสี่เศษส่วน
( ตารางที่ 1 ) .
ประชากรของสกุล prevotella ระหว่าง
4.40 ×× 108 ถึง 1.88 rrs สำเนา / ดีเอ็นเอμกรัมในเศษส่วนทั้งหมด
และสูงกว่าใน lq-c เศษส่วน
กว่าใน lq-h และ ad-h เศษส่วน ( ตารางที่ 1 ) .
สกุล prevotella เป็นปริมาณมากที่สุดในหมู่
รู้จักและสกุลและความอุดมสมบูรณ์ของญาติอยู่
จาก 24% ถึง 37 % ของจำนวนแบคทีเรียทั้งสี่
เศษส่วน ( ตารางที่ 1 ) ผลที่ได้นี้สนับสนุนว่าเป็นสกุลเด่นที่สุด prevotella
ในอาหาร [ 4 ]
ค่อนข้างสูง ความอุดมสมบูรณ์ของพืชสกุล prevotella ใน
ad-h เศษส่วนแนะนำของพวกเขามีส่วนร่วมในการย่อยสลายไฟเบอร์
ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [ 15,16 ] ทั้ง selenomonas
และ ruminantium ruminobacter amylophilus ทำ
ไม่แสดงใด ๆ ความแตกต่างระหว่างสี่เศษส่วน
แต่ . amylophilus มีแนวโน้ม ( P < 0.1 ) จะมีมากขึ้น
มากมาย ในส่วน lq-c กว่าใน ad-c เศษส่วน
( ตารางที่ 1 ) .
ประชากรของหน้า ruminicola ชนิด ที่สำคัญในอาหาร prevotella
สกุล , สูงกว่า
ในส่วน lq-c กว่าใน lq-h และ ad-h
เศษส่วน ( ตารางที่ 1 ) ความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของหน้า ruminicola
ต่ำมากเมื่อเทียบกับประเภท prevotella
( ตารางที่ 1 ) ที่มีความอุดมสมบูรณ์ของหน้า ruminicola เป็นญาติ
สอดคล้องกับผลการศึกษาก่อนหน้านี้ 3,17
[ 2 ] แต่มันไม่รองรับ ส่วนใหญ่สถานภาพนี้
สายพันธุ์ในกระเพาะ ผลนี้ยังแสดงให้เห็นการแสดงตนของหลายสายพันธุ์
prevotella ไร้การศึกษา [ 12 ]การแยกและศึกษาคุณสมบัติของ prevotella ไร้การศึกษา

~ จะช่วยให้ลักษณะที่ยังไม่ได้รับการอบรม prevotella

สายพันธุ์ในการศึกษาในอนาคต มันควรจะสังเกตว่า ความอุดมสมบูรณ์ของพืชสกุล
prevotella อาจประเมินค่า เพราะ
prevotella - " เฉพาะ " ไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษานี้ไม่ตรงกัน
มากมาย prevotella rrs ลำดับเมื่อเทียบ
กับ 13478 ลำดับของแต่ละประเทศ [ 4 ] นอกจาก
811 prevotella ลำดับ รองพื้นไปข้างหน้าตรงกัน
แต่ไม่ดับ prevotella เป็นของสกุล
paraprevotella ( 21 ) ) , rikenella ( 18 ) )
tannerella ( 4 ) ( 4 ) paludibacter ลำดับ )
bacteroides ( ลำดับ 4 ) barnesiella ( ลำดับ 1 )
hallella ( 1 ลำดับ ) , และแยกประเภท bacteroidales
( 298 ) )แยกประเภท bacteroidetes ( 113
ลำดับ ) สกุลอื่น ๆของ prevotellaceae ครอบครัว ( 77
ลำดับ ) , แยกประเภท porphyromonadaceae ( 40
ลำดับ ) และแยกประเภท clostridiales ( ลำดับ 1 )

prevotella ไพรเมอร์คู่มันย้อนกลับลำดับ 59 ไม่ prevotella ลำดับที่เป็นของสกุลอื่น ๆ prevotellaceae
ของครอบครัว ( 29 ) ) ไม่มีประเภท
bacteroidales ( 6 ) )paraprevotella ( 20
ลำดับ ) และ bacteroides ( 4 ) ) .
ประชากรของ prevotella อาจ overestimated
ในการศึกษาอื่น ๆเนื่องจากการขาดของชนิดเฉพาะเจาะจง
ใช้ . ตัวอย่างเช่น ไปข้างหน้า ไพรเมอร์ที่ใช้ในการศึกษา โดย stiverson
และ ไวเมอร์ และ ไวเมอร์ et al . [ 3,17 ]
จับคู่อยู่และไม่ prevotella . prevotella ลำดับ
เก็บจากกระเพาะ ที่ไม่ prevotella
.