๔. แผนกบาลีมัธยมศึกษา แบ่งหลักสูตรการเรียนเป็น ๖ ชั้น ชั้นละ ๑ ปี สอนวิชาบาลี พุทธ ธรรม วินัย ตาม หลักสูตรขององค์การศึกษาคณะสงฆ์ และสอนวิชาวิสามัญตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการประกอบ ความรู้พิ้นฐานส่วนเบื้องต้นด้วย รับนักเรียนที่สำเร็จการศึกษานักธรรมชั้นตรี และประโยคประถมบริบูรณ์ (ประถมปีที่ ๔) มาแล้ว ก่อนที่โรงเรียนบาลีเตรียมอุดมศึกษาจะมาเป็นแผนกหนึ่งใน ๔ แผนก ได้เริ่มปรากฏเป็นหน่วยงาน การศึกษาอยู่ในระบบการศึกษาระยะแรกของมหาจุฬา ฯ มาก่อนแล้ว กล่าวคือ เนื่องจากการจัดการศึกษาของ มหาจุฬา ฯ ในระยะแรก ปี พ.ศ. ๒๔๙๐ พระภิกษุสามเณรที่เข้าเรียน ยังขาดคุณสมบัติด้านความรู้และวุฒิ สามัญศึกษา มหาวิทยาลัยจึงไม่สามารถจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาได้เลยทีเดียว จำเป็นต้องมีหลักสูตรชั้น อบรมพื้นความรู้เสียก่อน โดยจัดระดับการศึกษาเป็น ๓ ชั้นเรียน คือ