the necessary first step in analysi

the necessary first step in analysis of nsSNPs is to identify whether a given SNP is indeed non-synonymous. For this purpose we map SNPs onto known protein on the basis of SNP DNA flanking sequences.
Flanking genomic sequences of SNPs from HGVbase with length 25 bp each have been translated in all six possible and searched for in the proteins in the human proteins subset of SWALL database. Protein sequences and genomic fragments were pre-processed with the SEG,XNU,RepeatMasker and Dust program, which are use to fitter in to areas of low compositional complexity,regions containing internal repeats of short periodicity and know human genomic repeat sequence. ALU subfamily proteins also excluded from the set. We required that at least one translated flanking sequence should have an exact match with database protein sequence. If this match detected, we further required that the second flanking sequence had either an exact match with protein sequence or matched the protein sequence in all position until the end of the protein or a conventional exon/intron border is observed. The resulting mapping of a SNP onto a protein sequence is always unique. The above procedure is avilable as stand alone www program snp2prot.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขั้นตอนแรกจำเป็นในการวิเคราะห์ของ nsSNPs เป็นการ ระบุว่า SNP ที่กำหนดอย่างแน่นอนไม่ใช่- สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เราแผนที่ SNPs ไปรู้จักโปรตีนโดย DNA SNP flanking ลำดับ.
Flanking ลำดับ genomic ของ SNPs จาก HGVbase มีความยาว 25 bp ได้ถูกแปลในหกไปทั้งหมด และค้นหาในโปรตีนในชุดย่อยโปรตีนมนุษย์ของฐานข้อมูล SWALL ลำดับโปรตีนและบางส่วนของ genomic ถูกประมวลผลเบื้องต้นกับ SEG, XNU, RepeatMasker และฝุ่นโปรแกรม ซึ่งจะใช้การโลภในส่วนของความซับซ้อน compositional ต่ำ ภูมิภาคที่ประกอบด้วยภายในซ้ำของสั้นประจำงวด และทราบลำดับซ้ำ genomic มนุษย์ โปรตีน subfamily เสริมอะลูมิเนียมที่ถูกแยกออกจากชุด เราต้องให้ลำดับ flanking แปลน้อยควรมีข้อมูลที่ตรงกับฐานข้อมูลลำดับโปรตีน ถ้าตรวจพบตรงนี้ เราเพิ่มเติมจำเป็นที่สังเกตเส้นขอบ intron ธรรมดา exon ลำดับ flanking สองมีทั้งข้อมูลตรงกับลำดับโปรตีน หรือการจับคู่ลำดับโปรตีนในตำแหน่งทั้งหมดจนถึงจุดสิ้นสุดของโปรตีน หรือการ การแม็ปผลลัพธ์ของ SNP ลงลำดับโปรตีนอยู่เสมอเฉพาะ ขั้นตอนข้างต้นเป็น avilable เป็นยืนคนเดียว www โปรแกรม snp2prot

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขั้นตอนแรกที่จำเป็นในการวิเคราะห์ nsSNPs คือการระบุว่าได้รับ SNP เป็นจริงไม่ตรงกัน เพื่อจุดประสงค์นี้เราแผนที่ SNPs บนโปรตีนที่รู้จักกันบนพื้นฐานของ SNP ดีเอ็นเอขนาบลำดับ
ขนาบข้างลำดับจีโนมของ SNPs จาก HGVbase ที่มีความยาว 25 bp แต่ละได้รับการแปลในทุกหกเป็นไปได้และค้นหาในโปรตีนในโปรตีนของมนุษย์ย่อยของ Swall ฐานข้อมูล ลำดับโปรตีนและเศษจีโนมได้ก่อนการประมวลผลด้วย SEG, xnu, RepeatMasker และโปรแกรมฝุ่นซึ่งเป็นที่ใช้ในการมีสุขภาพดีในพื้นที่ของความซับซ้อน compositional ต่ำพื้นที่ซึ่งมีซ้ำภายในระยะเวลาสั้น ๆ และรู้ลำดับจีโนมของมนุษย์ซ้ำ ALU โปรตีนอนุวงศ์ยังได้รับการยกเว้นจากชุด เราต้องมีอย่างน้อยหนึ่งลำดับขนาบแปลควรจะมีการจับคู่ที่ตรงกันกับลำดับโปรตีนฐานข้อมูล หากการแข่งขันนี้ตรวจพบที่เราจำเป็นต้องใช้เพิ่มเติมว่าสองลำดับขนาบข้างมีทั้งถูกต้องตรงกับลำดับโปรตีนหรือจับคู่ลำดับโปรตีนที่อยู่ในตำแหน่งจนกว่าจะเสร็จสิ้นทั้งหมดของโปรตีนหรือชายแดนเอกซ์ซอน / intron เดิมเป็นที่สังเกต การทำแผนที่ที่เกิดของ SNP บนลำดับโปรตีนอยู่เสมอไม่ซ้ำกัน ขั้นตอนข้างต้นเป็น avilable ที่ยืนอยู่คนเดียว snp2prot โปรแกรม www

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ขั้นตอนแรกที่จำเป็นในการวิเคราะห์ nssnps จะระบุว่าให้ SNP ย่อมไม่ตรงกัน สำหรับวัตถุประสงค์นี้ เรา snps โปรตีนบนแผนที่หรือบนพื้นฐานของ SNP ดีเอ็นเอจ ลำดับ ลำดับของจีโนม
จ snps จาก hgvbase กับ BP ความยาว 25 แต่ละได้รับการแปลในทั้งหมดหกที่สุดและค้นหาในโปรตีนที่ย่อยโปรตีนมนุษย์ฐานข้อมูล swall .ลำดับโปรตีนและชิ้นส่วนจีโนมอยู่ก่อนประมวลผลด้วยโปรแกรม repeatmasker xnu ขังเดี่ยว , , และฝุ่น ซึ่งจะใช้พื้นที่ของความซับซ้อนช่างฟิตในภูมิภาคที่มีส่วนประกอบน้อย ซ้ำภายในอย่างสั้นและรู้ลำดับซ้ำจีโนมมนุษย์ ALU subfamily โปรตีนยังแยกออกจากชุดเราต้องการอย่างน้อยหนึ่งแปล flanking ลำดับน่าจะตรงกันกับลำดับของโปรตีนกับฐานข้อมูล ถ้านัดนี้เรายังต้องตรวจพบว่าลำดับสองจได้ให้ตรงกันกับลำดับของโปรตีน หรือตรงกับโปรตีนลำดับในตำแหน่งจนกว่าจะสิ้นสุดของโปรตีนหรือชนิดธรรมดา / iNtRON ชายแดนเป็นที่สังเกตผลการทำแผนที่ของ SNP ลงลำดับโปรตีนอยู่เสมอที่ไม่ซ้ำกัน ขั้นตอนข้างต้นเป็น avilable www snp2prot เป็นยืนอยู่คนเดียวโปรแกรม