รูปแบบของโปรตีนมีความหลากหลายและซับซ้อนมากกว่าcarbohydrate
การดูดซึมของกรดอะมิโน เป็นวิธีที่ใช้พลังงาน (active) และมี
sodium เป็นตัวช่วยนำพา
ในการดูดซึมไม่จำเป็นต้องเป็นรูปแบบ free amino acid di และ tripeptides ก็สามารถที่จะถูกดูดซึมได้
peptide ขนาดใหญ่และ intact proteins อาจจะเข้าไปโดยตรงในเลือดโดยเส้นทาง paracellular route หรือ absorb เข้าไปในเซลของลำไส้โดย pinocytosis ภายในเซลลำไส้อาจจะมีการเปลี่ยนแปลงบางอย่าง เช่น deamination ,transamination และ protein synthesis