The GMO samples used in this resear

The GMO samples used in this research effort each contained an inserted transgene holding some exogenous, non-mouse, genomic sequences; specifically, the human ACTA1 gene region, the human TPM3 cDNA sequence, the four SV40 intronic regions, and the SB10 cassette ( Table 1, Fig. 1). Accordingly, high quality ChIP-seq reads that had failed to align to the mouse reference genome (i.e. unmapped reads) were aligned to a custom reference genomic library containing these exogenous genomic sequences ( Fig. 2b). Sequence Alignment/Map tools (SAMtools 0.1.18; [16]) were used to generate FASTQ files for the unaligned reads, which were then aligned to the aforementioned reference library using the ELAND2 standalone aligner. Peak finding was executed on the resulting BAM files using MACS 1.4.2 to generate WIG files with the genome-size setting modified to represent the size of the reference used for alignment. The resulting peak data was then further examined and graphically represented MATLAB (R2013b).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตัวอย่างจีเอ็มโอที่ใช้ในการวิจัยความพยายามนี้ละอยู่ transgene แทรกการถือลำดับบางอย่างจากภายนอก ไม่ใช่เมาส์ ออก เฉพาะ ภูมิภาคยีนมนุษย์ ACTA1 ลำดับ cDNA TPM3 มนุษย์ สี่ภูมิภาค intronic SV40 เทป SB10 (ตารางที่ 1 รูปที่ 1) และ ตามลำดับ อ่าน ChIP seq คุณภาพสูงที่ล้มเหลวจัดกลุ่มอ้างอิงเมาส์ (เช่นไม่ได้แม็ปอ่าน) สอดคล้องกับอ้างอิงกำหนดเองออกไลบรารีที่ประกอบด้วยลำดับเหล่านี้ออกจากภายนอก (รูปที่ 2b) ลำดับตำแหน่ง/แผนที่เครื่องมือ (SAMtools 0.1.18 [16]) ถูกใช้เพื่อสร้างแฟ้ม FASTQ สำหรับการอ่านไม่ ซึ่งจากนั้นสอดคล้องกับไลบรารีอ้างอิงดังกล่าวโดยใช้การ ELAND2 aligner แบบสแตนด์อโลน การค้นหาสูงสุดดำเนินการบนแฟ้มผลลัพธ์ BAM ใช้แม็ค 1.4.2 การสร้างแฟ้มวิก มีขนาดจีโนมที่ที่ตั้งแก้ไขเพื่อแสดงขนาดของการอ้างอิงที่ใช้สำหรับการจัดตำแหน่ง ข้อมูลสูงสุดเกิดจากนั้นตรวจสอบเพิ่มเติม และภาพกราฟิกแสดง MATLAB (R2013b)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการจีเอ็มโองานวิจัยนี้ในแต่ละบรรจุยีนแทรกถือภายนอกบางอย่างที่ไม่ใช่เมาส์ลำดับจีโนม; โดยเฉพาะมนุษย์ภูมิภาค ACTA1 ยีนมนุษย์ลำดับ TPM3 cDNA สี่ SV40 ภูมิภาค INTRONIC และเทป SB10 (ตารางที่ 1 รูปที่ 1). ดังนั้นการที่มีคุณภาพสูงชิป seq อ่านว่าล้มเหลวที่จะจัดไปอ้างอิงจีโนมเมาส์ (เช่น unmapped อ่าน) ได้รับการสอดคล้องกับการอ้างอิงที่กำหนดเองห้องสมุดจีโนมที่มีลำดับจีโนมเหล่านี้ภายนอก (รูปที่ 2b.) เครื่องมือการจัดลำดับ / แผนที่ (SAMtools 0.1.18 [16]) ถูกนำมาใช้ในการสร้างไฟล์ FASTQ สำหรับ unaligned อ่านซึ่งถูกจัดชิดจากนั้นไปที่ห้องสมุดอ้างอิงดังกล่าวโดยใช้แบบสแตนด์อโลน Aligner ELAND2 การค้นพบพีคได้รับการดำเนินการในที่เกิดไฟล์ BAM ใช้ MACS 1.4.2 การสร้างไฟล์ผมหน้าม้ากับการตั้งค่าจีโนมขนาดการปรับเปลี่ยนเพื่อแสดงขนาดของการอ้างอิงที่ใช้สำหรับการจัดตำแหน่ง แล้วข้อมูลสูงสุดส่งผลให้ได้รับการตรวจสอบต่อไปและกราฟิกตัวแทน MATLAB (R2013b)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยกลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการวิจัยจีเอ็มโอที่มีความพยายามแต่ละแทรกยีนไว้บางภายนอก ไม่ใช่เมาส์จีโนมลำดับยีนของมนุษย์ acta1 ; เฉพาะ , ภูมิภาค , มนุษย์ tpm3 cDNA ลำดับที่สี่ sv40 intronic ภูมิภาค และ sb10 เทป ( ตารางที่ 1 รูปที่ 1 ) ดังนั้นคุณภาพที่ได้ล้มเหลวที่จะอ่าน seq ชิปชิดเมาส์อ้างอิงจีโนม ( เช่น unmapped คนอ่าน ) ชิดกับเองอ้างอิงห้องสมุดจีโนมลำดับจีโนมที่มีเหล่านี้ภายนอก ( รูปที่ 2B ) เครื่องมือวางแนว / แผนที่ลำดับ ( samtools 0.1.18 ; [ 16 ] ) ถูกใช้เพื่อสร้างไฟล์ fastq สำหรับ unaligned อ่าน ซึ่งก็สอดคล้องกับทางห้องสมุดอ้างอิงที่ใช้ eland2 แบบสแตนด์อโลนพันธุ์ . สูงสุดคือประหารชีวิตในการหาผลแบมไฟล์โดยใช้ Macs ดาวน์โหลดสร้างไฟล์วิกกับจีโนมขนาดการแก้ไขเพื่อแสดงขนาดของข้อมูลอ้างอิงที่ใช้ในแนว ส่งผลให้ยอดข้อมูลก็เพิ่มเติมตรวจสอบและแสดงกราฟ Matlab ( r2013b )