The coordinates of the X-ray crysta

The coordinates of the X-ray crystal structure of the aromatase/
androstenedione complex (PDB code 3EQM) were downloaded
from the Protein Databank (http://www.rcsb.org) and imported
into the modeling program SYBYL (version 8.0; Tripos, St. Louis,
MO). All non-protein components were deleted and hydrogen
atoms were added to the protein structure. Partial charges were assigned
according to the Amber library and the positions of the
added hydrogen atoms were optimized by molecular mechanics
minimization that kept the positions of the heavy atoms static.42
Energy minimization was performed with the Powell method in
combination with the Amber7 FF99 force field, a distance-dependent
dielectric constant of 4, and a convergence criterion of
0.05 kcal/(mol Å). The molecular structures of inhibitors were also
prepared in SYBYL and the conformational energy of each structure
was minimized by molecular mechanics (MMFF94s force field,
MMFF94 charges, and distance-dependent dielectric constant of
4) using the conjugate gradient method and a termination criterion
of 0.01 kcal/(mol Å).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พิกัดของโครงสร้างผลึกเอกซเรย์ของ aromatase /ดาวน์โหลด androstenedione ซับซ้อน (PDB รหัส 3EQM)จาก Databank โปรตีน (http://www.rcsb.org) และนำเข้าเป็นโปรแกรมสร้างโมเดล SYBYL (เวอร์ชัน 8.0 Tripos, St. Louisด) ส่วนประกอบของโปรตีนไม่ใช่ทั้งหมดถูกลบ และไฮโดรเจนมีเพิ่มอะตอมโครงสร้างโปรตีน กำหนดค่าธรรมเนียมบางส่วนตามรีแอมเบอร์และตำแหน่งของการอะตอมไฮโดรเจนเพิ่มได้เหมาะ โดยกลศาสตร์โมเลกุลลดภาระที่เก็บตำแหน่งของ static.42 อะตอมหนักทำ ด้วยวิธีพาวเวลในการลดพลังงานร่วมกับฟิลด์ Amber7 FF99 บังคับ ระยะทางขึ้นอยู่กับค่าคงของ dielectric ของ 4 เงื่อนไขการลู่เข้าของ0.05 /(mol Å) กิโลแคลอรี่ โครงสร้างโมเลกุลของ inhibitors ได้ยังเตรียมใน SYBYL และพลังงาน conformational ของแต่ละโครงสร้างย่อให้เล็กสุด โดยกลศาสตร์โมเลกุล (MMFF94s ฟิลด์บังคับค่าธรรมเนียม MMFF94 และขึ้นอยู่กับระยะทางค่าคง dielectric4) ใช้วิธีการไล่โทนสีการ conjugate และเงื่อนไขการจ้างของ 0.01 /(mol Å) กิโลแคลอรี่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พิกัดของโครงสร้างผลึก X-ray ของ aromatase /
ซับซ้อน androstenedione (รหัส PDB 3EQM) ถูกดาวน์โหลด
จากโปรตีน Databank (http://www.rcsb.org) และนำเข้า
สู่โปรแกรมสร้างแบบจำลอง SYBYL (รุ่น 8.0; Tripos, เซนต์หลุยส์
MO) ส่วนประกอบที่ไม่ใช่โปรตีนถูกลบและไฮโดรเจน
อะตอมถูกเพิ่มเข้าไปในโครงสร้างโปรตีน ค่าใช้จ่ายบางส่วนที่ได้รับมอบหมาย
ให้เป็นไปตามห้องสมุดแอมเบอร์และตำแหน่งของ
อะตอมไฮโดรเจนเพิ่มได้รับการเพิ่มประสิทธิภาพโดยกลศาสตร์โมเลกุล
ลดที่ทำให้ตำแหน่งของอะตอมหนัก static.42
ลดพลังงานได้ดำเนินการกับวิธีพาวเวลใน
การทำงานร่วมกับสนามพลัง Amber7 FF99 เป็นระยะทางขึ้นอยู่กับ
อิเล็กทริกคงที่ของ 4 และเกณฑ์การบรรจบกันของ
0.05 กิโลแคลอรี / (mol A) โครงสร้างโมเลกุลของสารยับยั้งก็ยัง
จัดทำขึ้น SYBYL และพลังงานโครงสร้างของแต่ละโครงสร้าง
ถูกลดลงโดยกลศาสตร์โมเลกุล (สนามพลัง MMFF94s,
MMFF94 ค่าใช้จ่ายและระยะทางขึ้นอยู่กับอิเล็กทริกคงที่ของ
4) โดยใช้วิธีการไล่ระดับสีผันและเกณฑ์การเลิกจ้าง
0.01 kcal / (mol A)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พิกัดของเรย์โครงสร้างผลึกของ aromatase /
ถอยเชิงซ้อน ( รหัส PDB 3eqm ) ถูกดาวน์โหลด
จากโปรตีน databank ( http://www.rcsb.org ) และนำเข้าสู่การ sybyl
โปรแกรม ( เวอร์ชั่น 8.0 ; tripos เซนต์ หลุยส์ ,
โม ) ทั้งหมดส่วนประกอบของโปรตีนไม่ ลบ และไฮโดรเจนอะตอม
ถูกเพิ่มไปยังโครงสร้างโปรตีน ค่าใช้จ่ายบางส่วนที่ได้รับมอบหมาย
ตามเด็ก ห้องสมุด และ ตำแหน่งของ
เพิ่มไฮโดรเจนอะตอมเหมาะสมโดยโมเลกุลกลศาสตร์
ลดเก็บตำแหน่งของอะตอมหนักคงที่ พลังงานลดได้ 42

กับ Powell ) ร่วมกับ amber7 ff99 สนามพลัง ระยะทางขึ้นอยู่กับ
อิเล็กทริกคงที่ 4 และการลู่เข้าเกณฑ์ ของ
0.05 กิโลแคลอรี / ( mol Å )โครงสร้างโมเลกุลของโปรตีนยัง
เตรียม sybyl และพลังงานในแต่ละโครงสร้าง
ถูกลดโดยกลศาสตร์โมเลกุล ( mmff94s บังคับสนาม
mmff94 ค่าใช้จ่ายและระยะทางขึ้นอยู่กับฉนวนคงที่ของ
4 ) การผันลาดวิธีและเกณฑ์การ
0.01 กิโลแคลอรี่ / ( mol Å )