จังหวัดปัตตานีมีเนื้อที่ประมาณ 2,052 ตารางกิโลเมตร เป็นจังหวัดที่มีขนาดเล็กเป็นอันดับ 2 ของภาคใต้ (อันดับ 1 คือภูเก็ต) พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบลุ่ม เหมาะแก่การเพาะปลูก มีภูเขาสำคัญคือภูเขาทรายขาว ซึ่งอยู่ในเทือกเขาสันกาลาคีรี มีแม่น้ำสำคัญ 2 สาย คือ แม่น้ำตานีและแม่น้ำสายบุรีปัตตานีเป็นดินแดนเก่าแก่ซึ่งได้สั่งสมความรุ่งเรืองมายาวนาน